1921 में, इमाम खुमैनी ने अरक में अपनी पढ़ाई शुरू की। अगले वर्ष, अयातुल्ला हेरी-यज़ीदी ने इस्लामी मदरसा को क़ोम के पवित्र शहर में स्थानांतरित कर दिया, और अपने छात्रों को अनुसरण करने के लिए आमंत्रित किया। इराक में नजफ के पवित्र शहर में निर्वासित होने से पहले इमाम खुमैनी ने निमंत्रण स्वीकार किया, स्थानांतरित किया, और क़ोम में दार अल-शफ़ा स्कूल में निवास किया। स्नातक होने के बाद, उन्होंने कई वर्षों तक इस्लामी न्यायशास्त्र (शरिया), इस्लामी दर्शन और रहस्यवाद (इरफान) पढ़ाया और इन विषयों पर कई किताबें लिखीं। यद्यपि उनके जीवन के इस विद्वतापूर्ण चरण के दौरान इमाम खुमैनी राजनीतिक रूप से सक्रिय नहीं थे, उनके अध्ययन, शिक्षाओं, और लेखन की प्रकृति से पता चला कि वह मौलवियों द्वारा राजनीतिक सक्रियता में शुरुआत से ही विश्वास करते थे। तीन कारक इस सुझाव का समर्थन करते हैं। सबसे पहले, इस्लामी अध्ययनों में उनकी रुचि ने इस्लामी कानून (शरिया), न्यायशास्त्र (फ़िक़ह), और सिद्धांतों (उसुल) और इस तरह के पारंपरिक विषयों की सीमा को पार कर लिया। उन्हें दर्शन और नैतिकता में गहरी दिलचस्पी थी। दूसरा, उनका शिक्षण अक्सर दिन के व्यावहारिक सामाजिक और राजनीतिक मुद्दों को धर्म की व्यापक प्रासंगिकता पर केंद्रित था। तीसरा, वह 1940 के दशक में धर्मनिरपेक्षता की मुखर वकालत का खंडन करने की कोशिश करने वाले पहले ईरानी मौलवी थे। उनकी अब तक की जानी-मानी किताब, काश्फ-ए असरार (डिस्कवरी ऑफ सीक्रेट्स), असार-ए हेज़र सालेह (एक हज़ार साल का रहस्य) के बिंदु खंडन द्वारा एक बिंदु थी, जो ईरान के प्रमुख विरोधी लिपिक इतिहासकार के एक शिष्य द्वारा लिखी गई थी, अहमद कासरवी इसके अलावा वह 1920 के दौरान ईरान की संसद में विपक्ष के नेता अयातुल्ला हसन मोदरेस की बात सुनने के लिए क़ोम से तेहरान गए थे। इमाम खुमैनी 1963 में ग्रैंड आयतुल्लाह सीय्यद होसैन बोरुजेरदी की मृत्यु के बाद एक मराजा बन गए। (स्रोत: खमेनी.आईर)