यह हमेशा स्पष्ट नहीं होता है कि 12वीं शताब्दी के अंत में सालजुक्स के पतन ने धार्मिक अल्पसंख्यकों की स्थिति को बदल दिया। ईरान के पश्चिम में सल्जुक्स अब्बासिद खलीफा जैसे अल-मुक्ताफी के साथ प्रतिस्पर्धा में थे, जिन्होंने 1152 में बगदाद से सालजुक अधिकारियों को निष्कासित कर दिया था, और अल-नासिर ने 1180-1225 में इराक में पूर्ण सत्ता ग्रहण की थी। खलीफा अल-नासिर ने गैर-मुसलमानों को आधिकारिक कार्यों से मुक्त करने का आदेश दिया। सालजुक्स ने एक सदी पहले ही ईसाइयों और यहूदियों के अपने प्रशासन को साफ कर दिया था। नतीजतन, पूर्व में सल्जुक्स के पतन ने गैर-मुस्लिम समुदायों को बहुत खुश किया होगा। ११४१ में सालजुक सुल्तान संजर को हराने वाले चीनी कारा खिताई मुसलमान नहीं थे और उनका कोई मजबूत धार्मिक झुकाव नहीं था, और इसलिए उन्होंने धार्मिक आधार पर भेदभाव नहीं किया। फिर भी, गैर-मुसलमानों को क़रा ख़िताई के शासन से लाभ उठाने के लिए अधिक समय नहीं दिया गया था, क्योंकि 1212 तक उन्हें मुस्लिम ख़्वारज़्मशाहों द्वारा ट्रांसऑक्सानिया से पूरी तरह से बेदखल कर दिया गया था, जिन्होंने 1156 और 1215 के बीच मध्य और पूर्वी फारस पर हावी होने के लिए संघर्ष किया था।
जबकि इस्लाम का क्षेत्र अस्थिर लग रहा था, बाहरी मंगोलिया में 1206 में चंगेज खान नामक एक बहुत ही सक्षम सरदार ने खुद को मंगोलों के नेता के रूप में स्थापित किया। जिन तीन कबीलों को उन्होंने अपने कारण के लिए लामबंद किया था, वे नेस्टोरियन थे, जिन्हें कुछ सदियों पहले ईरान के मिशनरियों द्वारा परिवर्तित किया गया था। चंगेज खान अपने देश के प्रशासन के लिए उन पर बहुत अधिक निर्भर था। जुवेनी हमें बताता है कि उसने मंगोलों को उइघुर लिपि (जो नेस्टोरियन की सिरिएक लिपि से निकली) सीखने का आदेश दिया था, और उस लिपि में उनका कानूनी कोड लिखा था। इससे मंगोलों के बीच उनके प्रभाव और प्रतिष्ठा में उल्लेखनीय वृद्धि हुई। नतीजतन, चंगेज खान और उनके अनुयायियों ने ईसाइयों को बहुत सम्मान दिया, लेकिन हम जुवेनी और राशिद अल-दीन के कार्यों जैसे स्रोतों से जानते हैं कि मुसलमानों को उनके कौशल के लिए भी सराहा गया था। जब चंगेज खान के बेटे, तोलुई ने मर्व शहर पर कब्जा कर लिया, तो उसने चार सौ कारीगरों की जान बचाई, लेकिन उसकी सेना और प्रतिद्वंद्वी पड़ोसी शहर सरख के लोगों को बाकी की आबादी को मारने की अनुमति दी गई। युद्ध में मंगोलों की क्रूरता और अकर्मण्यता ने कुछ पश्चिमी लेखकों, जैसे विल्हेम वॉन रूब्रुक को, मंगोलों को बर्बर कहने और उन्हें धार्मिक मामलों के प्रति उदासीन के रूप में चित्रित करने के लिए प्रेरित किया। हालांकि, एक जैकोबाइट ईसाई और इस अवधि की घटनाओं के गवाह बार हेब्रियस ने उनकी धार्मिक सहिष्णुता की प्रशंसा की।
