प्रतिरोध मोर्चा के पास अपने प्रमुख शत्रुओं में से एक के रूप में धर्मनिरपेक्षता है। धर्मनिरपेक्षता ने व्यक्तिगत और सामाजिक दोनों क्षेत्रों में पश्चिम को प्रबल किया है। कई लोग धर्मनिरपेक्षता को मानव इतिहास का शिखर मानते हैं जबकि दुनिया भर में अभी भी ऐसे राष्ट्र हैं जो धर्मनिरपेक्षतावादी आधारहीन दावों का खंडन करते हैं और अपनी धार्मिक परंपराओं और रहस्योद्घाटन के मूल संदेश के प्रति वफादार रहना पसंद करते हैं। ईरान के इस्लामी क्रांति के सर्वोच्च नेता इमाम खुमैनी के स्वर्गीय शब्दों से प्रेरित प्रतिरोध फ्रंट देशों ने मानव जीवन के सभी पहलुओं में अल्लाह के वर्चस्व के लिए जमीन तैयार करने की कोशिश की। शासन और समाज के इस्लामी सिद्धांत की आलोचनाओं के धर्मनिरपेक्षता और धर्मनिरपेक्ष दावों को इमाम खुमैनी द्वारा ध्यान में रखा गया था, जहां वे लिखते हैं कि "इस्लाम के वे विरोधी जिनके दुर्भावनापूर्ण डिजाइन हैं, और जो इस्लाम को सरकार और राजनीति से अलग करते हैं, उन्हें केवल यह याद दिलाने की जरूरत है कि पवित्र क़ुरआन और ख़ुदा के रसूल (स.अ.व.) की परम्पराएँ किसी अन्य क्षेत्र की तुलना में सरकार और राज्य-व्यवस्था के संबंध में अधिक सम्पादन करती हैं। इससे भी महत्वपूर्ण बात यह है कि इस्लाम में स्पष्ट रूप से भक्तिपूर्ण उपदेशों में से कई वास्तव में राजनीतिक-भक्तिपूर्ण उपदेश हैं, जिसकी अनदेखी मुस्लिम दुनिया के वर्तमान कष्टों के लिए जिम्मेदार है। इस्लाम के पैगंबर (SAW) ने दुनिया की अन्य सरकारों की तरह एक सरकार की स्थापना की, सिवाय इसके कि वह सामाजिक न्याय को बढ़ावा देने के उद्देश्य से एक थी और इसी तरह, शुरुआती मुस्लिम खलीफाओं की पूर्ण सरकारें थीं और इसलिए इमाम अली (AS) सरकार थी जो व्यापक और अधिक समावेशी था और जो इतिहास में एक स्पष्ट रिकॉर्ड है। इसके बाद की सरकारें भी इस्लाम के नाम पर स्थापित हुईं। तथा आज भी जो सरकारें इस्लामी होने का ढोंग करती हैं और इस्लाम और पैगंबर मुहम्मद (स.अ.व.) के संपादनों पर स्थापित की गई हैं, वे विविध और कई हैं।”