रूहुल्लाह मौसवी का जन्म अयातुल्ला सैय्यद मुस्तफ़ा मुसावी और हाज़ीहा खानम के यहाँ हुआ था, जिसे हज़र भी कहा जाता है, खोमिन शहर में, राजधानी तेहरान से लगभग 300 किलोमीटर दक्षिण में, ईरान, संभवतः 17 मई, 1900 या 24 सितंबर, 1902 को। वह एक सैयद परिवार से थे जो सातवें इमाम, (इमाम मूसा काज़म) के माध्यम से पैगंबर मोहम्मद के वंशज हैं। उनके पैतृक पिता सैय्यद अहमद मुसावी थे, जिनकी तीसरी पत्नी सकीनह ने 1856 में मुस्तफा को जन्म दिया था। इमाम खुमैनी के नाना मिर्ज़ा अहमद मोजत-ए-खोनसारी थे, जो मध्य ईरान में एक उच्च पदस्थ मौलवी थे, जिन्होंने शाह द्वारा एक ब्रिटिश कंपनी को दिए गए एकाधिकार के विरोध में तम्बाकू के उपयोग पर प्रतिबंध लगाने के लिए रियायत रद्द कर दी थी।
इमाम खुमैनी के पिता की हत्या तब की गई थी जब वह पाँच महीने का था, और उसकी परवरिश उसकी माँ और उसकी एक चाची ने की थी। बाद में, जब वह 15 वर्ष के थे, उसी वर्ष उसकी माँ और चाची की मृत्यु हो गई। छह साल की उम्र में ही उन्होंने कुरान, इस्लाम की पवित्र पुस्तक का घर पर अध्ययन करना शुरू कर दिया था। उन्होंने मुल्ला अब्दुल-कासेम और शेख जाफर की देखरेख में और स्थानीय स्कूल में अपनी प्रारंभिक शिक्षा प्राप्त की, और अपने बड़े भाई, अयातुल्ला पासंदिदिश की देखरेख में, जब तक वह 18 वर्ष का नहीं हो गये। इस्फ़हान में इस्लामी मदरसे में अध्ययन करने के लिए उनके लिए व्यवस्था की गई थी, लेकिन उन्हें आकर्षित किया गया था, इसके बजाय, अरक में मदरसा, जो अयातुल्ला शेख अब्दोल-करीम हारी-यज़ी (स्वयं एक शिष्य के नेतृत्व में अपनी विद्वत्तापूर्ण प्रतिभा के लिए प्रसिद्ध था) नजफ और इराक में करबला के कुछ महान विद्वानों में से कुछ) (स्रोत: खामेनेई.आईर)