इस्लाम और विज्ञान के बीच कोई सामान्य असंगति नहीं हो सकती क्योंकि कई शताब्दियों तक अंतरराष्ट्रीय स्तर पर वैज्ञानिक जांच का केंद्र ठीक इस्लामी दुनिया थी। कुछ स्कूल या मदरसे जो मुख्य रूप से धार्मिक शिक्षा प्रदान करते हैं, वे खुद को धर्मनिरपेक्ष शिक्षा में ज्यादा शामिल नहीं करते हैं, लेकिन कुरान खुद ऐसी नीति के लिए कोई समर्थन नहीं देता है। इसके विपरीत, सभी सबूत बताते हैं कि कुरान सामान्य रूप से शिक्षा जैसे मुद्दों पर एक व्यावहारिक दृष्टिकोण रखता है, हालांकि निश्चित रूप से धार्मिक शिक्षा को अत्यधिक महत्वपूर्ण माना जाता है। धार्मिक शिक्षा में कुरान, हदीस, पैगंबर की सुन्नत और उनके सिराह या जीवनी का अध्ययन शामिल है। इस शिक्षा का आधार अरबी भाषा का किसी प्रकार का अध्ययन है जो दुनिया के 80 प्रतिशत मुसलमानों के लिए एक विदेशी भाषा है।
अक्सर, बच्चों को अरबी अर्थ पर ध्यान दिए बिना उच्चारण के नियमों को सीखते हुए अरबी पढ़ना सिखाया जाता है। कुरान अक्सर रट कर सीखा जाता है, और शिक्षक की स्थिति को ऊंचा किया जा सकता है क्योंकि वह धार्मिक सत्य से गुजर रहा है, न कि ऐसे विषय जिन्हें छात्र द्वारा आकस्मिक रूप से प्राप्त या अस्वीकार किया जा सकता है। अक्सर यह तर्क दिया जाता है कि शिक्षाशास्त्र इस विचार पर आधारित है कि ज्ञान की खोज के बजाय ज्ञान प्राप्त किया जाता है, और यह कि छात्र का दिमाग सक्रिय और रचनात्मक के बजाय निष्क्रिय और ग्रहणशील होता है, और सामान्य दृष्टिकोण यह है कि सभी ज्ञान को अपरिवर्तनीय के रूप में देखा जाता है और पुस्तकों की आवश्यकता होती है आंतरिक किया जाना चाहिए और पूछताछ नहीं की जानी चाहिए। यह तस्वीर जहां तक सही है, इस्लामी और आधुनिक शिक्षा के बीच अंतर को उजागर करती है। पूर्व में एक अलौकिक अभिविन्यास है, इस्लाम को बढ़ावा देता है, मध्ययुगीन काल से बड़े पैमाने पर अपरिवर्तित पाठ्यक्रम का उपयोग करता है, और ज्ञान को एक दिव्य आदेश के कारण प्रकट होने के रूप में मानता है। जो पढ़ाया जाता है उस पर सवाल उठाना अवांछनीय है, शिक्षण शैली सत्तावादी हो सकती है, शिक्षा मुख्य रूप से उदासीन है, और याद रखना महत्वपूर्ण है।
इसके विपरीत, आधुनिक शिक्षा का इस दुनिया के प्रति झुकाव है, और व्यक्तिगत छात्र के विकास की ओर निर्देशित होने का दावा करता है। विषय वस्तु में परिवर्तन के रूप में पाठ्यक्रम में परिवर्तन होता है, और ज्ञान को अनुभवजन्य या निगमनात्मक विधियों के माध्यम से प्राप्त किया जाता है और समस्या-समाधान उपकरण के रूप में माना जाता है। शिक्षक आदर्श रूप से छात्र की भागीदारी और पूछताछ को आमंत्रित करते हैं, और इसका उद्देश्य केवल सामग्री को दोहराना नहीं है। अंत में, धार्मिक शिक्षा की काफी एकीकृत धारणा के विपरीत, विभिन्न विषय एक दूसरे से स्पष्ट रूप से अलग हैं। हुडभॉय ने तर्क दिया है कि शिक्षा की दो शैलियाँ एक दूसरे के विरोध में हैं क्योंकि वे न केवल विषय वस्तु में बल्कि शैली में भी भिन्न हैं। मदरसों से आधुनिक शिक्षा प्रणाली में प्रवेश करने वाले छात्रों के अच्छा प्रदर्शन करने की संभावना नहीं है, क्योंकि वे शिक्षा की एक पूरी तरह से अलग प्रक्रिया के आदी हैं, नियमों और अपेक्षाओं के पूरी तरह से अलग सेट के तहत काम करते हैं।
दूसरी ओर, दो शिक्षाशास्त्रों के बीच टकराव के इस दृष्टिकोण, जैसे सभ्यताओं के बीच संघर्ष, दूसरों द्वारा अतिदेय के रूप में माना जाता है। आखिर आधुनिक शिक्षा के सिद्धांतों के बारे में हमें जो बताया जाता है, उसके अनुसार तथाकथित आधुनिक पाठ्यक्रम में से कितना वास्तव में पढ़ाया जाता है? वहाँ भी रट कर सीखने का एक अच्छा सौदा है, और छात्रों को अक्सर यह महसूस नहीं होता है कि उन्हें अपने शिक्षकों से सवाल करने या चुनौती देने के लिए प्रोत्साहित किया जाता है। तृतीयक शिक्षा के स्तर पर भी आधुनिक प्रणाली में कई छात्र निष्क्रिय हैं और व्याख्यान कक्ष में जो कुछ भी सुनते हैं उसे दोहराने और दोहराने पर ध्यान केंद्रित करते हैं। इसके अलावा, कितना धार्मिक पाठ्यक्रम वास्तव में उतना ही पारंपरिक है जितना कि रूढ़िवादिता से पता चलता है? जब एक नई भाषा का मुद्दा होता है तो हमेशा कुछ यांत्रिक सीखने वाला होता है, और छात्रों को इसे समझने के तरीके पर कुरान को पढ़ने के लिए प्रोत्साहित किया जा सकता है, लेकिन ये अपने आप में छात्र को स्वतंत्र से दूर नहीं करते हैं विचार। इस बात का कोई प्रमाण नहीं है कि पारंपरिक धार्मिक शिक्षा के दायरे में पले-बढ़े बच्चे आधुनिक व्यवस्था में पले-बढ़े बच्चों से कम नवोन्मेषी या सक्रिय हैं। जब यह प्रकट हुआ तो कुरान ने उस समय के कई प्रचलित विचारों को चुनौती दी और विशेष रूप से उस समय तक जो अधिकार था वह अधिकार था। कुरान का तर्क है कि व्यक्तियों को वह नहीं करना चाहिए जो उनके पिता ने किया था क्योंकि यह स्वीकृत प्रथा थी, बल्कि सत्य के प्रकट होने तक सोचने, तर्क करने और बहस करने की वकालत करता है। फिर, यह तर्क देना कठिन है कि कुरान की शिक्षा अपने आप में शिक्षण और सीखने के आधुनिक सिद्धांतों के विपरीत है। इसका मतलब यह नहीं है कि कई जगहों पर कुरान की शिक्षा एक पारंपरिक मॉडल का अनुसरण करती है जो आधुनिक शिक्षा के रास्ते में खड़ी होती है, लेकिन फिर आधुनिक शिक्षा अक्सर इस सिद्धांत के अनुरूप नहीं होती है कि इसे कैसे संचालित किया जाना चाहिए।